بخلاف شركات الشحن والتفريغ التقليدية، لا تقتصر الشركة الوطنية لإدارة الموانئ على تداول بضائع الصب الجاف في الموانئ البحرية الرئيسية في مصر، بل تقدم حلولًا تشغيلية مصممة وفقًا لخصوصية كل ميناء، من خلال نموذج التفريغ في مناطق المخطاف، بما يتيح للسفن التفريغ بكفاءة رغم ازدحام الأرصفة أو قيود الغاطس.

تُشغّل الشركة الوطنية لإدارة الموانئ أكبر منطقة إيداع جمركي للحاويات في مصر مخصصة للواردات، حيث توفر بديلاً فعالًا من حيث التكلفة يسهم في تخفيف الضغط على الموانئ البحرية. ويقع الميناء على بعد 3 كيلومترات فقط من ميناء الإسكندرية وعلى الطريق الساحلي الدولي، ويمتد على مساحة 70 ألف متر مربع، ويتميز بموقع فريد يضم رصيفًا نهريًا على قناة النوبارية، حيث تم تنفيذ تجارب ناجحة لنقل الحاويات بالبارجات كبديل للنقل البري. كما يضم الميناء مستودعًا للبضائع العامة بمساحة 11 ألف متر مربع يدعم عمليات الحاويات الكاملة (FCL) والجزئية (LCL).

تشغّل الشركة الوطنية لإدارة الموانئ أكبر أسطول تجاري للنقل النهري في السوق، حيث توفر حلول نقل داخلي موثوقة وفعّالة من حيث التكلفة عبر نهر النيل. يربط الأسطول بين الموانئ البحرية والنهر، ويصل مراكز الإنتاج والاستهلاك الداخلية بمراكز الخدمات اللوجستية الرئيسية، بما يتيح تدفقًا سلسًا ومتعدد الوسائط للبضائع عبر مختلف أنحاء البلاد.

توفر الشركة خدمات نقل الحاويات عبر الممرات المائية على امتداد قناة السويس، لدعم حركة الحاويات العابرة بين البحر المتوسط والبحر الأحمر. وتعتمد الخدمة على بوارج بطول 100 متر — الأكبر من نوعها في مصر — بسعة تصل إلى 92 حاوية مكافئة (حوالي 1,600 طن)، لربط محطتي حاويات شرق بورسعيد ومحطة حاويات قناة السويس. وتدعم هذه الخدمة خطوط الملاحة في إعادة توزيع الحاويات وتحسين كفاءة العمليات التشغيلية وجداول السفن.

تنفّذ الشركة الوطنية لإدارة الموانئ عمليات لوجستية بحرية معقدة تتطلب أعلى درجات الدقة والسرعة والسلامة. وبالاعتماد على الاوناش العائمة والأسطول المتخصص من المراكب النهرية، تقدم الشركة دعماً مخصصاً للسفن المتعثرة التي تحتاج إلى تفريغ طارئ أو نقل حمولات، من خلال عمليات النقل من سفينة إلى أخرى أو التفريغ في المناطق البحرية المفتوحة داخل المياه المصرية.

توفر الشركة الوطنية لإدارة الموانئ حلول تخزين مرنة مصممة لدعم مختلف أنواع البضائع واحتياجات سلاسل الإمداد. وتشمل مرافقها مناطق تخزين جمركية وغير جمركية للبضائع المعبأة في حاويات أو غير المعبأة، مع إمكانية التكيف وفقًا للمواصفات الفنية للعملاء والمواقع الجغرافية المفضلة لديهم.

تتوسع الشركة الوطنية لإدارة الموانئ في مجال تجارة البضائع لدعم اكتمال دورة سلسلة الإمداد وتعزيز تكامل العمليات. ومن خلال دمج القدرات اللوجستية مع الأنشطة التجارية، تعمل الشركة على رفع كفاءة التنسيق بين عمليات التوريد والنقل والتخزين والتسليم.